Vad är egentligen R och hur beräknas det?

Wednesday 28 October, 2020

R förekommer ofta i rapporteringen om viruspandemin. I grunden är R inget annat än en koefficient i en ekvation och väldigt enkel att uppskatta. Men för att göra det måste man känna till en annan variabel - det så kallade seriella intervallet (SI). Folkhälsomyndigheten räknar med ett seriellt intervall på 4,8 dagar för Covid-19 - vilket är ett kort intervall om man exempelvis jämför med Sars.

Vet man SI är det enkelt att från ett diagram ta ut R. Lämpligen använder man ett diagram med logaritmisk skala på Y-axeln.

Den enklaste metoden är att utgå från den punkt där man vill mäta R och registrera hur många döda som det är vid den tidpunkten. Det är bäst att använda dödsfall, eftersom den siffran är mer exakt än antalet registerade fall.

Säg att man vill skatta R för Tjeckien. Om det har avlidit 110 i dag kan man först notera den siffran. Därefter ser man hur många det avled för 4,8 dagar sedan. I det här fallet rör det sig om 70 personer (se diagrammet). R är då helt enkelt 110 dividerat med 70, eller 1,57.

Jag kan säkert ha mätt fel i figuren, men detta är i alla fall principen. Vill man göra en prognos på vad som händer om R förblir på samma värde kan man bara dra ut en rät linje i linjens förlängning. Om R inte förändras blir nämligen kurvan linjär, givet att Y-axeln är logaritmisk.

Skulle R sjunka under 1,0 kommer linjen att luta nedåt. Principen för att göra beräkningen förändras dock inte. Man går fortfarande 4,8 dagar tillbaka i tiden och dividerar sedan värdena med varandra för att få R.

Så vad är egentligen R? Jo, det är antalet personer som i genomsnitt smittas av varje person som blivit smittad. Genomsnitt är viktigt här, eftersom 20 procent av de smittade av Covid står för 80 procent av överföringarna. Därför brukar man tala om en annan parameter k. Den har jag skrivit om i ett annat blogginlägg.