Smittspåra viruset i stället för virusbäraren

Thursday 14 May, 2020

Bild: 2017-09/dsc01062.jpg

En prekär fråga när det gäller smittspårning är om man kränker den personliga integriteten. Så länge man samlar uppgifter om enskilda individer är problemet uppenbart. Men intressant nog finns det en lösning på problemet. Det är att spåra viruset i stället för virusbärarna.

Eftersom virus har en unik genetisk sekvens kan man identifiera Coronavirus med hög precision. Vid ungefär var sjunde överföring förändras viruset i någon del - man kan säga att viruset byter generation. Det handlar i de flesta fall om en helt obetydlig förändring, men förändringen gör att man kan spåra virusets ursprung. Man vet vilket virus som gett upphov till just detta exemplar.

Det här är väldigt intressant information i smittspårningssammanhang, eftersom det gör det möjligt att koppla ihop olika virus. Med fullständiga data om alla virus skulle det vara möjligt att spåra de exakta smittvägarna utan att kränka den personliga integriteten. Det är ett alternativ till att använda appar, som utgår från virusbärarens identitet.

För att det ska vara någon mening med att spåra viruset måste man dock koppla dess identitet till någon uppgift som berättar var viruset smittade ner bäraren. Som jag noterat tidigare behöver man inte spara mer än bärarens postnummer, vilket inte avslöjar särskilt mycket om smittbärarens identitet. Det finns 10 miljoner personnummer, men bara 77000 postnummer. Ett postnummer kan avse någon av drygt 100 individer och det är därmed svårt att enbart med hjälp av virusets genetiska kod spåra individerna som smittats.

Vilken information går det då att utläsa av virusets genetiska fingeravtryck och postnumret? Ja, om viruset förändras vid vart sjunde värdbyte kommer det att finnas genetiskt identiska virus som kopplas till samma eller olika postnummer. Genom att analysera alla genetiskt identiska virus kan man även identifiera smittvägarna. Man ser att virus A har rört sig från postnummer X till postnummer Y.

Med ett tillräckligt stort antal prover går det att skapa en överföringsmatris - där länkarna mellan postnummer är mer eller mindre starka. Två postnummer kommer att få starka länkar om det är vanligt att ett virus med samma genetiska kod återfinns i båda postnummerområdena. Allt talar för att matrisen över tid är relativt stabil, men den kan förstås förändras beroende på aktuella händelser.

Som jag noterat i ett tidigare inlägg är det för ett klustrande virus mer intressant att studera risker för smitta än att i efterhand kartlägga det exakta smittoförloppet. Med ett virus som sprids så snabbt som Covid-19 kommer smittspårarna ändå i regel att ligga flera steg efter.

Men med överföringsmatrisen kan kluster snabbt identifieras och varningar utfärdas för de individer som är kopplade till respektive postnummer. Det är överföringsmatrisen som avgör om ett virus som drabbar någon som bor i postnummerområde X kommer att vara en fara för någon som bor i postnummerområde Y. Varningen är därmed inte personlig och behöver heller inte utfärdas förrän det finns en statistiskt betydande sannolikhet för att en individ i postnummerområde Y verkligen kommer att smittas.

Ett vanlig smittspårningsapp kommer ofta att ge falskt alarm. En postnummerbaserad app visar däremot bara sannolikheten för att man ska bli smittad. Åtgärderna för att undvika smitta är någon som individen bestämmer själv över. Kanske köper man ett självtest, kanske avstår man från sociala kontakter eller också väljer man någon helt annan strategi? Det viktiga är att individen känner till risknivån i det aktuella området och att risknivån omedelbart kan justeras när någon i närheten visar sig vara smittad.

Även myndigheterna kan dra nytta av informationen. Trots att ingen enskild individ pekas ut kan förekomsten av virus mätas och analyseras - och sedan utgöra underlag för eventuella åtgärder. En konsert med många smittade syns omedelbart på kartan och konsekvenserna för övriga delar av landet kan beräknas på någon sekund.

Egentligen skiljer sig inte postnummerstrategin så mycket från de strategier man använt i Sydkorea, Singapore och Hong Kong - där man smittspårat enskilda individer. Den stora skillnaden är att man aldrig behöver avslöja enskilda individers identitet - trots det uppnår man samma mål som i dessa länder. För mer detaljer om hur postnummerstrategin fungerar i övrigt, läs gärna detta inlägg.